Zeilvereniging Het Y moet de eerste verenigingshaven aan de Westerdoksdijk in 1919 verlaten doordat de gemeente Amsterdam – na het gereedkomen van het Centraal Station in 1889 – andere plannen heeft met dit gebied.  De nieuwe haven komt ook aan het IJ, maar nu aan de overkant, bij de Grasweg.

Op 11 mei 1940, een van de eerste dagen van de Tweede Wereldoorlog, brandt de haven bijna uit door een grote oliebrand (klik hier voor de foto) op het complex van de Shellraffinaderij naast de haven. De opslagtanks zijn door Engelse officieren aangestoken om te voorkomen dat de oliereserves in Duitse handen zouden vallen.
Na de oorlog wil Shell uitbreiden en dringt daarom aan op verhuizing van de haven. Toch ziet de toekomst er zonnig uit: Zeilvereniging Het Y vindt een nieuwe plek voor een jachthaven in Durgerdam.

Op 26 april 1952 wordt deze nieuwe haven officieel geopend door burgemeester d'Ailly. Aanvankelijk maakt het bestuur zich nog ernstig zorgen of men de haven wel vol kan krijgen. Nu is er al sinds jaren een aanzienlijke wachtlijst.
Later komen daar nog dependances bij in Enkhuizen (1969) en in Marken (1975) zodat Zeilvereniging Het Y nu in drie havens aan het IJsselmeer faciliteiten biedt:  Durgerdam, Marken en Enkhuizen.

Voor tarieven zoals liggeld en passantentarieven: zie rubriek Lidmaatschap